El primer nucli de població es va iniciar entorn del Rafal àrab Alhamar, de quatre jovades, en el districte de Sineu, que en el Repartiment fou cedit a Pere de Palau. El 1235 el Rafal passà a ser possessió d’Arias Yánez, cavaller portuguès de Sant Joan de Verí (Coïmbra), que donà a la població naixent el nom del titular del seu poble d’origen, començant així a anomenar-se Sant Joan-Sineu. Pel pla d’ordenació de nous pobles del rei Jaume II, adquirí l’estatut de la vila l’any 1300.
De 1322 a 1343 estigué sota la Baronia i senyoria jurisdiccional del noble Arias Ferradis, per un canvi que el rei Sanç li féu amb la de Bunyola. Un nombre considerable de santjoaners participaren a la revolta de la Germania; sofriren danys les possessions de Sa Bastida, Solanda i Horta; dos santjoaners foren penjats i es veren sotmesos a informació 95 sospitosos, dels quals molts foren multats.
A principi del present segle sorgí un moviment de renovació de l’agricultura, impulsat per l’amo Antoni Oliver d’Els Calderers que després de viatges d’informació i coneixement directe per Itàlia, Suïssa, Holanda i França, introduí noves tècniques de conreu, que feren dels santjoaners els capdavanters de l’agricultura illenca; es fundà la Caixa Rural de Sant Joan (1903), que implantà el crèdit agrícola; i el Sindicat Agrícola Catòlic (1919).